Foxyさん、こんにちは。
カテゴリーとサブカテゴリーの関係については、Ryujiさんが決めたnewbbへの仕様そのまんまだった、というのが理由です。
newbbでは、カテゴリーはほとんど意味を持たないので、サブカテゴリー非表示ならカテゴリーよりフォーラムを表示すべきだと考えたのでしょう。(newbb1が対象である以上、妥当な判断だったと思います)
ただ、それだとd3forumとの兼ね合いで美しくありません。d3forumのカテゴリーはそれなりに意味を持ちますので。
というわけで、xhnewbbをCube2.1対応にするついでにやっつけました。
アクセス権限については、いわゆるポカですね。そういう入口があることを忘れてました