やや見にくいと思いますが、検証内容を記載しておきます。

■パターン1
□カテゴリーの状態
TOP
Category-1
SubCategory-A
Category-2
Category-3
Category-4
SubCategory-D
Category-5

□結果（カテゴリをクリックした際のパンくずの表示）
Category-1　→Category1と表示、正常
Category-2　→Category1と表示、異常
Category-3　→Category3と表示、正常
Category-4　→Category4と表示、正常
Category-5　→Category4と表示、異常

※サブカテゴリーA,Dは省略


■パターン2
□カテゴリーの状態
TOP
Category-1
SubCategory-A
Category-2
SubCategory-B
Category-3
SubCategory-C
Category-4
Category-5

□結果（カテゴリをクリックした際のパンくずの表示）
Category-1　→Category1と表示、正常
Category-2　→Category1と表示、異常
Category-3　→Category1と表示、異常
Category-4　→Category1と表示、異常
Category-5　→Category5と表示、正常

#テンプレートの問題ではないですよね？見てみたのですがそれらしきものは無いような・・・。