おかしいな…と、ソースを追ってビックリしました。
確かに<pre>がついてますね
なんでここに<pre>をつけたのか、私自身まったく記憶にないので、デバッグ情報か何かを確認するためにいったんつけて、そのまま外し忘れてしまった、なんてのがありそうです。

とりあえず修正版だしました。

Quote:これはMyTextSanitizerの仕様ですね。
BB Codeを無効、とすれば、MyTextSanitizerそのものをまったく通過しなくなるので、それは避けられます。

BB Codeと自動リンクはデフォルトで不可分なので、どちらか一方だけ有効というのは、少なくとも今のTinyDでは出来ません。（やる気なら別段難しくもありませんが）
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ちょっと誤解を招きそうな表現なので追記）
BB Codeと自動リンクが不可分、というのは正確には違って、
BB Code off で自動リンクon は可能です。
BB Code on で自動リンクoff は不可能です。
デフォルトでmakeClickable()を避ける手段がない、というMyTextSanitizerの仕様がおかしいのですが、ちょっと工夫すれば良いだけで別段難しくない、という点に違いはありません。