hi Yuji.

FCHはかなり特殊なHackなので、こういった多言語系Hackは完全に無効化されてしまいます。
唯一、EMLHだけが利用可能なHackです。
（これは、どちらの多言語Hackが優れているかどうか、という問題ではなく、最終出力しかいじらないタイプのHackでないと、FCHのキャッシュがヒットする手前で動作させることができないからです）

最初の質問への答えですが、XOOPS本体のキャッシュとはまったく独立して働きます。
有効にすれば、FCHがヒットしなかった時でも、XOOPSのキャッシュがヒットする可能性はあります。
サイトの性格にもよりますが、うちみたいなサイトでは、FCHのヒット率はせいぜい20〜40%程度なので、XOOPSが提供するブロックキャッシュも併用しています。