どうしてもd3pipesで取得できないRSS/Atomがあった場合、まずはそのフィードをRSS Validatorにかけてみると良いでしょう。
例えばこんな感じ。
http://feedanalyzer.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.ec-cube.net%2Fec-cube.php
基本的なXMLに違反したフィードは意外と多くあります。
問題は、RSS/Atomはあくまで、先方が出力しているので、こちらが文句を言っても修正される保証がない点です。
そういう時に便利なのがtidyです。HTML用に使うことが多いようですが、XMLもちゃんと修正してくれます。
というわけで、d3pipes 0.61では、XML修正用のtidyジョイントも追加しました。
パーサの前に、tidy4xml を挿入してください。
XMLパーサでエラーが出ていたEC-CubeのRSSも、tidyによってちゃんと修正され、d3pipesに取り込むことができるようになります。