GIJOEさん、更なるコメントありがとうございます。

Quote:本番環境はphpmyadminで書き換えてしまったのですが、テスト環境はアップデートで無事書き換えできました。ありがとうございます。

Quote:なんとなく諦めきれず、ダメモトで色々調べつつ試していたら、偶然にもうまく行くようになりました。（未だに何故うまく動作するようになったのかわかりません・・・）
現状はfckconfig.js の FCKConfig.ProtectedSource.Addに以下を記述して希望通りの動作となっています。
※ちなみに、ProtectedSource.Addで指定したコードは、ソース表示画面で入力/編集する形で、プレビュー画面には一切表示されない仕様のようです。

GIJOEさんのヒントが無ければ、間違いなく解決できなかったと思います。（ろくにわかりもしないのに、fckeditorの本体をいじろうかと思っていたくらいですので ）
代替手段の検討含め、本当にありがとうございました。