２．０上でaltsysモジュール問題なく動いていたのですが、管理人画面テーマ変更機能を追加した時から（コピペしました）すべてのＤ３モジュールにアクセスできなくなってしまいました。
多分trust_pathにアクセスできていないような感じがします。他のモジュールに関しては全く問題なく動いていますが、管理メニュー内のモジュール管理画面はシステムモジュールのみ表示され、
Warning [PHP]: main(私のサイトアドレス/xoops_trust_path/libs/altsys/xoops_version.php): failed to open stream: No such file or directory in file modules/altsys/xoops_version.php line 10
とエラーが出ています。

対策として一度自分のパソコンのローカルにおいてあるバックアップですべてサーバーに上げたのですが、状況は変わりません。

そこであわててしまった私はサイトを作り直しました。が作っている段階（どの作業中か忘れました）でまた同じ状態になってしまい、そこから作業ができません。
まだわからないことだらけなので何の情報を伝えればこっちの状況を的確に表示させることができるかわからないので、もし何か必要なものがありましたらお知らせください。