おっしゃるとおり、早くも文字コードでハマっていました。
どうしてもxHelpの中で入力文字が化けるので、「海外ものは日本語だめかな」と思って調べていたんですが、そもそもちゃんと動いていたはずの2.0.x用のDBの中の文字データが壊れていることを発見。（たまたま動いているように見えていただけでした。）

この際全てUTF-8に統一した方が良いだろうと環境を組みなおしてphp.iniとmy.cnfを修正し、さらにRHEL同梱のPHPはlatin-1しか対応していないようなのでmy.cnfにinit-connectオプションをつけて、、、ともがいて、やっと立ち上げられました。

そもそもXOOPS2.0.xでさくっとインストールしてしまうとPHPもMySQLもlatin-1モードで動作するので、危なっかしいですね。

GIJOEさんの本では、connectした後にmysql_query('SET NAMES ...')を発行するようにソースを変更していますが、my.cnfの中の設定だけで回避した方がよいように思います。
（SJISクライアントがXOOPSのDBに独自にアクセスするような場合は使えませんが）

あとは、XOOPSからのHTMLヘッダの変更と、出回っている日本語.phpファイルの文字コード変換
をやってました（笑）

これでも動かないモジュールがあったら、そのモジュールは捨てて代替品を探すことにします。